時間外労働手当や休日出勤手当等の割増賃金を計算するときの基礎となる賃金には、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金および１ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金を、賃金に算入しないことができる（除外できる）とされています。

　今回、在宅勤務をする従業員に対し、会社が支給する、いわゆる「在宅勤務手当」について、割増賃金の算定基礎から除外することができる場合が明確化されました。その内容は、以下の２項目に照らして、事業経営のために必要な実費を弁償するものとして支給されていると整理される場合に除外できるとなっています。

■実費弁償の考え方
　在宅勤務手当は、労働者が実際に負担した費用のうち業務のために使用した金額を特定し、金額を精算するものであることが外形上明らかである必要があること。
　このため、就業規則等で実費弁償分の計算方法が明示される必要があり、かつ、計算方法は在宅勤務の実態（勤務時間等）を踏まえた合理的・客観的な計算方法である必要があること。
　このことから、例えば、従業員が在宅勤務に通常必要な費用として使用しなかった場合でも、その金銭を企業に返還する必要がないもの（例えば、企業が従業員に対して毎月5,000円を渡切りで支給するもの）等は、実費弁償に該当せず、賃金に該当し、割増賃金の基礎に算入すべきものとなること。

■実費弁償の計算方法
　在宅勤務手当のうち、実費弁償に当たり得るものとしては、事務用品等の購入費用、通信費（電話料金、インターネット接続に係る通信料）、電気料金、レンタルオフィスの利用料金などが考えられるところ、これらが事業経営のために必要な実費を弁償するものとして支給されていると整理されるために必要な「在宅勤務の実態（勤務時間等）を踏まえた合理的・客観的な計算方法」としては、以下の方法などが考えられること。

1.国税庁「在宅勤務に係る費用負担等に関するＦＡＱ（源泉所得税関）」（国税庁ＦＡＱ）で示されている計算方法
2.1.の一部を簡略化した計算方法
　通信費（電話料金、インターネット接続に係る通信料）及び電気料金については、在宅勤務手当の支給対象となる労働者ごとに、手当の支給月からみて直近の過去複数月の各料金の金額および複数月の暦日数並びに在宅勤務をした日数を用いて、業務のために使用した１ヶ月当たりの各料金の額を1.の例により計算する方法。この場合は、在宅勤務手当の金額を毎月改定する必要はなく、金額を実費弁償として一定期間継続して支給することが考えられる。なお、「直近の過去複数月」については、例えば、３ヶ月程度とすることが考えられる。また、「一定期間」については、最大で１年程度とし、「一定期間」経過後に改めて同様の計算方法で在宅勤務手当の金額を改定することが考えられるが、電気料金等は季節による変動も想定されることから、労働者が実際に負担した費用と乖離が生じないよう適切な時期に改定することが望ましい。
　ただし、この取扱いは、在宅勤務手当があくまで実費弁償として支給されることを前提とするものであることから、常態として在宅勤務手当の額が実費の額を上回っているような場合には、上回った額については、賃金として割増賃金の基礎に算入すべきものとなることに留意すること。

3.実費の一部を補足するものとして支給する額の単価をあらかじめ定める方法
　在宅勤務手当を実費の一部を補足するものとして支給することは、それが実費の額を上回らない限りにおいて、実費弁償になると考えられる。このため、実費の額を上回らないよう１日当たりの単価をあらかじめ合理的・客観的に定めた上で、単価に在宅勤務をした日数を乗じた額を在宅勤務手当として支給することは、実費弁償に該当するものとして差し支えない。
　「実費の額を上回らないよう１日当たりの単価をあらかじめ合理的・客観的に定め」る方法として、通信費及び電気料金については、例えば、次の①から③までの手順で定める方法が考えられる。

①企業の一定数の労働者について、国税庁ＦＡＱ問６から問８までの例により、１か月当たりの「業務のために使用した基本使用料や通信料等」「業務のために使用した基本料金や電気使用料」をそれぞれ計算する。

②①の計算により得られた額を、労働者が１ヶ月間に在宅勤務をした日数で除し、１日当たりの単価を計算する。

③一定数の労働者についてそれぞれ得られた１日当たりの単価のうち、最も額が低いものを、企業における在宅勤務手当の１日当たりの単価として定める。

　①の「一定数」については、単価を合理的・客観的に定めたと説明できる程度の人数を確保することが望ましい。また、例えば、「一定数の労働者」を単価の額が高くなるよう恣意的に選んだ上で単価を定めることは、単価を合理的・客観的に定めるものとは認められず、単価を基に支給された在宅勤務手当も、実費弁償には該当しないこと。

　なお、既に割増賃金の基礎に算入している在宅勤務手当を割増賃金の基礎に算入しないこととする場合、労働者に支払われる割増賃金額が減少することとなり、労働条件の不利益変更に当たると考えられるため、法令等で定められた手続等を遵守し、労使間で事前に十分な話合い等を行うことが必要であることに留意することと示されています。

国税庁
「在宅勤務に係る費用負担等に関するＦＡＱ（源泉所得税関係）」